Για την καλύτερη οργάνωση των αρχείων σας μπορείτε να δημιουργείτε καταλόγους κατά βούληση. Η διαδικασία είναι αρκετά απλή και χρησιμοποιείται η εντολή mkdir, η σύνταξη της οποίας είναι η εξής:

mkdir [OPTIONS] directorylist ...

όπου directorylist, το όνομα του καταλόγου ή τα ονόματα των καταλόγων που επιθυμείτε να δημιουργήσετε.
Ως επιλογές μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τις εξής:

Παράδειγμα:

$ mkdir -p --mode=750 levelone/leveltwo/levelthree

Στο παράδειγμα αυτό, ζητάμε από τη mkdir να δημιουργήσει τον κατάλογο levelthree που όμως βρίσκεται κάτω από τους καταλόγους levelone και leveltwo. Εφόσον δεν υπάρχουν οι δύο τελευταίοι, και επειδή έχουμε δώσει την επιλογή -p θα τους δημιουργήσει και αυτούς. Οι δημιουργηθέντες κατάλογοι θα έχουν άδειες προσπέλασης 750 ή συμβολικά rwxr-x---.